（2010年度～2020年度）

2021年度研究業績

（著書）

• 太田博樹（2021）縄文人のゲノム解読 ― 古代ゲノム学による人類の進化、pp123-138. 人間の本質にせまる科学 ― 自然人類学の挑戦、井原泰雄、梅﨑昌裕、米田穣（編）東京大学出版会　ISBN-13 : 978-4130622288

（原著論文）

• M. Robbeets, R. Bouckaert, M. Conte, A. Savelyev, T. Li, D. An, K. Shinoda, Y. Cui, T. Kawashima, G. Kim, J. Uchiyama, j. Dolinska, S. Oskolskaya, K. Y. Yamano, N. Seguchi, H. Tomita, H. Takamiya, H. Kanzawa- Kiriyama, H. Oota, H. Ishida, R. Kimura, T. Sato, J. H. Kim, B. Deng, R. Bj, S. Rhee, K. D. Ahn, I. Gruntov, O. Mazo, J. R. Bentley, R. Fernandes, P. Roberts, I. R. Bausch, L. Gilaizeau, M. Yoneda, M. Kugai, R. A. Bianco, F. Zhang, M. Himmel, M. J. Hudson and N. Chao (2021) Triangulation supports agricultural spread of the Transeurasian Languages. Nature 599(7886):616-621. doi: 10.1038/s41586-021-04108-8.
• T. Sato*, N. Adachi, R. Kimura, K. Hosomichi, M. Yoneda, H. Oota, A. Tajima, A. Toyoda, H. Kanzawa-Kiriyama, H. Matsumae, K. Koganebuchi, K.K. Shimizu, K. Shinoda, T. Hanihara, A. Weber, H. Kato, and H. Ishida. (2021) Whole-Genome Sequencing of a 900-Year-Old Human Skeleton Supports Two Past Migration Events from the Russian Far East to Nothern Japan. Genome Biology and Evolution 13(9):evab192. doi: 10.1093/gbe/evab192.
• H. Matsumaea*, P. Ranacher*, P. E. Savage*, D. E. Blasig, T. E. Curriej, K. Kognebuchi, N. Nishidal, T. Sato, H. Tanabe, A. Tajima, S. Browno, M. Stoneking, K. K. Shimizua, H. Oota*, and B. Bickel*. (2021) Exploring correlations in genetic and cultural variation across language families in Northeast Asia. Science Advances 7(34):eabd9223. doi: 10.1126/sciadv.abd9223.
• K. Koganebuchi, K. Sato, K. Fujii, T. Kumabe, K. Haneji, T. Toma, H. Ishida, K. Joh, H. Soejima, S. Mano, M. Ogawa, H. Oota* (2021) An analysis of the demographic history of the risk allele R4810K in RNF213 of moyamoya disease. Annals of Human Genetics 1-12 doi: 10.1111/ahg.12424
• K. Koganebuchi, H. Oota* (2021) Paleogenomics of human remains in East Asia and Yaponesia focusing on current advances and future directions. Anthropological Science 129: 59-69 DOI: 10.1537/ase.2011302

（解説記事）

• 太田博樹（2021）遺伝人類学からみたヒトの多様性、子どもと発達発育　Vol.19 No.2 : 110-115 ISSN 1348-3056

（学会発表）

• 脇山由基、和久大介、小金渕佳江、大橋順、米田穣、藤田尚、長岡朋人、平田和明、高橋龍三郎、太田博樹（2021）ミトコンドリアDNA全塩基配列に基づく千葉県・縄文後晩期遺跡出土人骨の集団遺伝学的解析　第７５回日本人類学会大会　10月9日―11日（口演） (Online)

（招聘講演）

• H. Oota (2021) Genome of Jomon people and peopling history of East Eurasians. Genome Concept Centennial Conference (Feb. 15-17, Purely Online using zoom)
• 太田博樹（2021）縄文人ゲノム解析で検証する「北回り」 or 「南回り」ルート/ Jomon genome analysis verifying “Northern” or “Southern” route into East Eurasia from Africa　日本進化学会第23回オンライン大会（東京）8月18日―21日
• 太田博樹（2021）市原市から出土した縄文人骨のゲノム解析、令和3年度　祇園原貝塚講演会・シンポジウム（市原）9月25日

2019年度研究業績

（学会）

• K. Koganebuchi, T. Gakuhari, H. Takeshima, S. Kasagi, T. Sato, A. Tajima, H. Shibata, M. Ogawa, H. Oota Title: A new targeted-capture method using bacteria artificial chromosome (BAC) as baits exclusively developed for sequencing relatively large loci of ancient DNA (Poster) The Society for Molecular Biology and Evolution, Annual Meeting (Jul. 8-12, 2018 Yokohama, Japan)
• T. Gakuhari, M. Sikora, S. Rasmussen, M. Allentoft, T. Sato, T. Kornrliussen, M. Yonda, H. Ishida, Y. Yamada, H. Shibata, S. Nakagome, E. Willerslev, H. Oota Title: Whole genome analysis of the Jomon remain reveals deep lineage of East Eurasian populations The Society for Molecular Biology and Evolution, Annual Meeting (Jul. 8-12, 2018 Yokohama, Japan)
• 覚張隆史、中込滋樹、Martin Sikora, Simon Rasmussen, Morten Allentoft, 佐藤丈寛、 Thorfinn Korneliussen, Blánaid Ní Chuinneagáin, 松前ひろみ、小金渕佳江、Ryan Schmidt, 茂原信生、米田穣、木村亮介、石田肇、増山禎之、山田康弘、田島敦、柴田弘紀、豊田敦、埴原恒彦、Eske Willerslev, 太田博樹 Title: 伊川津・縄文人ゲノムからみた東アジア人類集団の形成史 第72回日本人類学会大会（三島）2018年10月19日-22日
• 和久大介、覚張隆史、Guido M. Valverde、長岡朋人、平田和明、豊田敦、米田穣、高橋龍三郎、太田博樹 Title: 千葉県・西広および祇園原貝塚出土縄文人骨の集団ゲノム解析（第一報） 第73回日本人類学会大会（佐賀）2019年10月12日-14日

2018年度研究業績

（和文一般出版物）

• 太田 博樹（2018）遺伝人類学入門　− チンギス･ハンのDNAは何を語るか（ちくま新書）

（英文原著論文）
（出版の新しい順。*は責任著者。#はequal contribution or joint 1st author。総説は除き査読有の雑誌のみ記載）

• T. Katsumura*, S. Oda, H. Mitani, H. Oota* Medaka population genome structure and demographic history described via genotyping-by-sequencing. G3 (2018) pii: g3.200779.2018. doi: 10.1534/g3.118.200779.
• K. Koganebuchi, T. Gakuhari, H. Takeshima, K. Sato, K. Fujii, T. Kumabe, S. Kasagi, T. Sato, A. Tajima, H. Shibata, M. Ogawa, H. Oota* A new targeted capture method using bacterial artificial chromosome (BAC) libraries as baits for sequencing relatively large genes. PLOS ONE (2018) 13(7):e0200170. doi: 10.1371/journal.pone.0200170.
• H. McColl#, F. Racimo#, L. Vinner#, F. Demeter#, T. Gakuhari, J.V.M. Mayar, G. van Driem, U.G. Wilken, A. Seguin-Orlando, C. de la F. Castro, S. Wasef, R. Shoocongdej, V. Souksavatdy, T. Sayavongkhamdy, M.M. Saidin, M.E. Allentoft, T. Sato, T. Korneliussen, A. Prohaska, A. Margaryan, P. de B. Damgaard, S. Kaewsutthi, P. Lertrit, T.M.H. Nguyen, H.C. Hung, T.M.Tran, H.N. Truong, G.H. Nguyen, S. Shahidan, K. Wiradnyana, H. Matsumae, N. Shigehara, M. Yoneda, H. Ishida, T. Masuyama, Y. Yamada, A. Tajima, H. Shibata, A. Toyoda, T. Hanihara, S. Nakagome, T. Deviese, A-M.Bacon, P. Duringer, J-L. Ponche, L. Shackelford, E. P-Edoumba, A.T. Nguyen, B. B-Pryce, J-C.Galipaud, R. Kinaston,H. Buckley, C. Pottier, S. Rasmussen, T. Higham, R.A. Foley, M.M. Lahr, L. Orlando, M. Sikora, H. Oota, C. Higham, D. M. Lambert, E. Willerslev The prehistoric peopling of Southeast Asia. Science (2018) 361(6397):88-92. doi: 10.1126/science.aat3628.
• Y. Tonoyama, M. Shinya, A. Toyoda, T. Kitano, A. Oga, T. Nishimaki, T. Katsumura, H. Oota, MT. Wan, B.W.P.Yip, M. O.L. Helen, S. Chisada, T. Deguchi, D. W.T. Au, K.Naruse, Y. Kamei, Y. Taniguchi* Abnormal nuclear morphology is independent of longevity in a zmpste24-deficient fish model of Hutchinson-Gilford progeria syndrome (HGPS). Comparative Biochemistry and Physiology – Part C: Toxicology & Pharmacology (2018) 209:54-62. doi: 10.1016/j.cbpc.2018.03.006. [Epub ahead of print]

2017年度研究業績

（和文一般出版物）

• 太田 博樹（2017）遺伝子が映し出す進化の地形図　− 進化医学から捉えるルーツ探し（青土社）現代思想6月号特集『変貌する人類史』

（和文総説）
（出版の新しい順。１つを除き査読無）

• 太田博樹
  ゲノムデータから人類史を読み解く方法―何がわかって何はわからないかー
  『西洋史研究』新輯第46号（2017）　ISSN: 03869288
• 太田博樹
  ゲノム人類学から見たふたご研究　/ Twin research in Genome Anthropological point of view
  日本生理人類学会誌　Vol.22 No.2 : 91-96 May 2017
  ISSN 1342-3215

（英文原著論文）
（出版の新しい順。*は責任著者。#はequal contribution or joint 1st author。総説は除き査読有の雑誌のみ記載）

• T. Nishimura#, T. Katsumura#, M. Motoi, H. Oota*, S. Watanuki*
  Experimental evidence reveals the UCP1 genotype changes the oxygen consumption attributed to non-shivering thermogenesis in humans.
  Scientific Reports (2017) 7:5570. doi: 10.1038/s41598-017-05766-3
• T. Akiyama, T. Katsumura, S. Nakagome, S-i. Lee, K. Joh, H. Soejima, K. Fujimoto, R. Kimura, H. Ishida, T. Hanihara, A. Yasukouchi, Y. Satta, S. Higuchi*, H. Oota*
  An ancestral haplotype of the human PERIOD2 gene associates with reduced sensitivity to light-induced melatonin suppression.
  PLOS ONE (2017) 12(6): e0178373. Doi.org/10.1371/journal.pone.0178373
• S. Nakagome*, H. Chinen, A. Iraha, A. Hokama, Y. Takeyama, S. Sakisaka, T. Matsui, J. R. Kidd, K. K. Kidd, H. S. Said, W. Suda, H. Morita, M. Hattori, T. Hanihara, R. Kimura, H. Ishida, J. Fujita, F. Kinjo, S. Mano, H. Oota
  Confounding effects of microbiome on the susceptibility of TNFSF15 to Crohn’s disease in the Ryukyu Islands.
  Human Genetics (2017) 136(4):387-397. Doi: 10.1007/s00439-017-1764-0.
• K. Igarashi, J. Kobayashi, T. Katsumura, Y. Urushihara, K. Hida, T. Watanabe-Asaka, H. Oota, S. Oda, H. Mitani
  An approach to elucidate NBS1 function in DNA repair using frequent nonsynonymous polymorphism in wild medaka (Oryzias Latipes) populations.
  PLOS ONE (2017) 12(1):e0170006. Doi: 10.1371/journal.pone.0170006

2016年度研究業績

（和文一般出版物）

• 太田 博樹（2016）ゲノム情報にもとづく人類学にとっての集団（東京大学出版会）「人種神話を解体する2 科学と社会の知」坂野 徹・竹沢 泰子［共編］
• 勝村啓史＆太田博樹（2016）性的二型の分子進化学的理解―メダカの尻鰭と性ステロイドホルモンー（裳華房）「ホルモンから見た生命現象と進化シリーズⅢ、成長・成熟・性決定」伊藤道彦・高橋明義［共編］

（和文原著論文）
（出版の新しい順。*は責任著者）

• 西槙俊之、勝村啓史、尾田正二*、小賀厚徳、小川元之、太田博樹
  野生メダカに見出された嚢胞に関する病理組織学的所見/ Histopathological features of a cystin medaka fish.
  魚病研究（2016）51巻1号; 8-14. doi.org/10.3147/jsfp.5.1.8

（英文原著論文）
（出版の新しい順。*は責任著者。#はequal contribution or joint 1st author。総説は除き査読有の雑誌のみ記載）

• K. Koganebuchi, K. Haneji, T. Toma, K. Joh, H. Soejima, K. Fujimoto, H. Ishida, M. Ogawa, T. Hanihara, S. Harada, S. Kawamura, H. Oota*.
  The allele frequency of ALDH2*Glu504Lys and ADH1B*Arg47His for the Ryukyu islanders and their history of expansion among East Asians.
  American Journal of Human Biology (2016) 29(2). Doi:10.1002/ajhb.22933
  Epub 2016 Nov 1.
• T. Katsumura, Y. Fukuyo, S. Kawamura, H. Oota*.
  A comparative study on the regulatory region of the PERIOD1 gene among diurnal/Nocturnal primates.
  Journal of Physiological Anthropology (2016) 35(1):21. Doi: 10.1186/s40101-016-0111-9
• K. Nagata#, C. Hashimoto#, T. Watanabe-Asaka*, K. Itoh, T. Yasuda, K. Ohta, H. Oonishi, K. Igarashi, M. Suzuki, T. Funayama, Y. Kobayashi, T. Nishimaki, T. Katsumura, H. Oota, M. Ogawa, A. Oga, K. Ikemoto, H. Itoh, N. Kutsuna, S. Oda, H. Mitani
  In vivo 3D analysis of systemic effects after local heavy-ion beam irradiation in an animal model.
  Scientific Reports (2016) 6:28691. Doi:10.1038/srep28691.
• R. Komine, T. Nishimaki, T. Kimura, H. Oota, K. Naruse, N. Homma, S. Fukamachi*
  Transgenic medaka that overexpress growth hormone have a skin color that does not indicate the activation or inhabition of somatolactin-α signal.
  GENE (2016) 584:38-46. dx.doi.org/10.1016/j.gene.2016.02.046

2015年度研究業績

（和文総説）
（出版の新しい順。１つを除き査読無）

• 太田博樹
  古代ゲノムでたどる人類史　第３回　遺伝情報からみたネアンデルタール人・デニソワ人
  細胞工学　Vol.34 No.7 702-706 2015年6月　秀潤社
  SNB978-4-7809-0168-9

（和文原著論文）
（出版の新しい順。*は責任著者）

• 山下佳那、勝村啓史*、尾田正二、今井正、吉浦康寿、太田博樹
  ミトコンドリアDNA解析から推定する香川県メダカの集団史/ Population history of medaka (Oryzias Latipes) in Kagawa Prefecture inferred from mitochondrial DNA analysis.
  地域自然史と保全（2015）Vol.38, No.1, pp.41-50

（英文原著論文）
（出版の新しい順。*は責任著者。#はequal contribution or joint 1st author。総説は除き査読有の雑誌のみ記載）

• S. Mawaribuchi, M. Ito*, M. Ogata, H. Oota, T. Katsumura, N. Yakamatsu, I. Miura*
  Meiotic recombination counteracts male-biased mutation (male-driven evolution).
  Proceedings of the Royal Society B (2015) 283(1823): 20152628: dx.doi.org/10.1098/rspb.20152691
• A. Kikuta, E. Furukawa, R. Ogawa, N. Suganuma, M. Saitoh, T. Nishimaki, T. Katsumura, H. Oota, T. Kawamoto, H. Tatsukawa, H. Hashimoto, K. Hitomi
  Biochemical characterization of medaka (Oryzias latipes) transgulutaminases, OITGK1 and OITGK2, as orthologues of human keratinocyte-type transgulutaminases.
  PLOS ONE 2015 10(12): e0144194; doi: 10.137/journal.pone.0144194.eCollection 2015
• PE. Savage, H. Matsumae, H. Oota, M. Stoneking, T. Currie, A. Tajima, M. Gillan, S. Brown
  How ‘Circumpolar’ is Ainu music? Musical and Genetic Perspectives on the History of the Japanese Archipelago.
  Ethnomusicology Forum (2015) 24:3,443-467 doi:10.1080/17411912.2015.1084236
• S. Nakagome, T. Sato, H. Ishida, T. Hanihara, T. Yamaguchi, R. Kimura, S. Mano*, H. Oota* and The Asian DNA Repository Consortium
  Model-based verification of hypotheses on the origin of modern Japanese revisited by Bayesian inference based on genome-wide SNP data.
  Molecular Biology and Evolution (2015) 32(6):1533-1543, Mar10; doi:10.1093/molbev/msv045

2014年度研究業績

（和文総説）
（出版の新しい順。１つを除き査読無）

• 太田博樹
  ヒトの起源と疾患リスク変異の拡散
  医学のあゆみ　Vol.249 No.6:573-575　2014年5月　医歯薬出版株式会社
  ISSN 0039-2359
• 松前ひろみ、間野修平、太田博樹
  個人ゲノムデータの利用と倫理的課題
  生命のビッグデータ利用の最前線　pp211-217　株式会社シーエムシー
  ISBN978-4-7813-0537-0
• 太田博樹 / Hiroki Oota
  古人類のゲノム解析～ネアンデルタール人とデニソワ人 / Paleogenomics on extinct hominins – Neanderthal and Denisovan）
  生物科学　特集：人類進化学の現在　Vol.65No.4:226-235　2014年4月　 農文協ISSN 0045-2033（査読有）

（和文原著論文）
（出版の新しい順。*は責任著者）

• 尾田正二*、西槇俊之、勝村啓史、片田吉彦、小賀厚徳、谷口善仁、太田博樹
  連続全身組織切片と２４時間トラッキングによるメダカの組織形態と活動性の網羅的な解析 / Global Analysis of Medaka by Whole Body Histology and 24-Hours Trackin. Cytometry Research (2014) 24(2): 9-14. [in Japanese with English abstract]

（英文原著論文）
（出版の新しい順。*は責任著者。#はequal contribution or joint 1st author。総説は除き査読有の雑誌のみ記載）

• T. Katsumura, S. Oda, S. Nakagome, T. Hanihara, H. Kataoka, H. Mitani, S. Kawamura, H. Oota*
  Natural allelic variations of xenobiotic metabolizing enzymes affect sexual dimorphism in Oryzias latipes.
  Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences (2014) 281(1797), Dec 22; pii: 20142259. doi: 10.1098/rspb.2014.2259.
• T. Sato, S. Nakagome, C. Watanabe, K. Yamaguchi, A. Kawaguchi, K. Koganebuchi, K. Haneji, T. Yamaguchi, T. Hanihara, K. Yamamoto, H. Ishida, S. Mano, R. Kimura*, H. Oota*
  Genome-Wide SNP Analysis Reveals Population Structure and Demographic History of the Ryukyu Islanders in the Southern Part of the Japanese Archipelago.
  Molecular Biology and Evolution (2014) 31(11): 2929-40. doi: 10.1093 Pii: msu230. [Epub ahead of print]
• Y. Takezawa*, K. Kato, H. Oota, T. Caulfield, A. Fujimoto, S. Honda, N. Kamatani, S. Kawamura, K. Kawashima, R. Kimura, H. Matsumae, A. Saito, EP. Savage, N. Seguchi, K. Shimizu, S. Terao, Y. Yamaguchi-Kabata, A. Yasukouchi, M. Yoneda, K. Tokunaga
  Human genetic research, race, ethnicity and the labeling of populations: recommendations based on an interdisciplinary workshop in Japan.
  BMC Medical Ethics (2014) 15:33. Doi: 10.1186/1472-6939-15-33.
• H. S. Said, W. Suda, S. Nakagome, H. Chinen, K. Oshima, S. Kim, R. Kimura, A. Iraha, H. Ishida, J. Fujita, S. Mano, H. Morita, T. Dohi, H. Oota, M. Hattori*
  Dysbiosis of salivary microbiota in inflammatory bowel disease and its association with oral immunological biomarkers.
  DNA Research (2014) 21(1):15-25. doi: 10.1093/dnares/dst037.
• Y. Matsushita, H. Oota, B.J. Welker, M.S. Pavelka, S. Kawamura*
  Color Vision Variation as Evidenced by Hybrid L/M Opsin Genes in Wild Populations of Trichromatic Alouatta New World Monkeys.
  International Journal of Primatology (2014) 35:71-87. doi: 10.1007/s10764-013-9705-9

2013年度研究業績

（和文一般出版物）

• 太田 博樹・長谷川 眞理子［共編］（2013）ヒトは病気とともに進化した（勁草書房）
• 中込滋樹＆太田博樹（2013）出アフリカはゲノムに何をもたらしたか（勁草書房）「ヒトは病気とともに進化した」太田 博樹・長谷川 眞理子［共編］

（和文総説）
（出版の新しい順。１つを除き査読無）

• 太田博樹
  アルコール代謝に関連する遺伝子の多様性の“起源”
  生物の科学　遺伝　5月号　特集　もう一つの進化医学Vol.67No.3:353-357　2013年5月　(NTS)
  ISBN978-4-86469-051-5
• 太田博樹
  「出アフリカ」と疾患リスク変異の拡散
  生物の科学　遺伝　5月号　特集　もう一つの進化医学Vol.67No.3:304-305　特集にあたって　2013年5月 (NTS)
  ISBN978-4-86469-051-5

（英文原著論文）
（出版の新しい順。*は責任著者。#はequal contribution or joint 1st author。総説は除き査読有の雑誌のみ記載）

• N. Suzuki*, D. Nawa, H. Tateno, T. Yasuda, S. Oda, H. Mitani, T. Nishimaki, T. Katsumura, H. Oota, T. Hanihara, A. Oga, J. Hirabayashi, K. Yamamoto
  Generation of Monoclonal antibodies against the Galß1-4Gal epitope: a key tool in studies of species-specific glycans expressed in fish, amphibians, and birds.
  Glycobiology (2013) 23(1):91-105 Doi: 10.1093/glycob/cws129.
  IF=3.747（被引用件数：4）

2012年度研究業績

（和文総説）
（出版の新しい順。１つを除き査読無）

• 太田博樹
  古代人類ゲノム塩基配列決定ラッシュ〜現代人の免疫機構に影響を与えた過去の混血
  実験医学Vol.30 No.16: 2603-2604 News & Hot Paper Digest　2012年10月（羊土社）ISBN978-4-7581-0088-5
• 太田博樹
  古DNA分析：クオリティー検査法と考古学への応用
  月刊 考古学ジャーナル　No.630: 22-26 特集　古人骨の考古科学2012年7月30日（ニューサイエンス社）ISSN 0454-1634
• 中込滋樹、太田博樹
  アボリジニーの全ゲノム配列から探る現生人類の「出アフリカ」拡散
  生物の科学　遺伝　７月号　Vol.66 No.4: 374-378　トピックス　2012年7月　（NTS）ISBN978-4-86043-395-6

（英文原著論文）
（出版の新しい順。*は責任著者。#はequal contribution or joint 1st author。総説は除き査読有の雑誌のみ記載）

• T. Jinam, N. Nishida, M. Hirai, S. Kawamura, H. Oota, K. Umetsu, R. Kimura, J. Ohashi, A. Tajima, T. Yamamoto, H. Tanabe, S. Mano, Y. Suto, T. Kaname, K. Naritomi, K. Yanagi, N. Niikawa, K. Omoto*, K. Tokunaga, N. Saitou*
  The history of human populations in the Japanese Archipelago inferred from Genomewide SNP data with a special reference to the Ainu and the Ryukyuan Populations.
  Journal of Human Genetics (2012) 57(12): 787-798. doi: 10.1038/jhg.2012.114. Epub 2012 Nov 8.
• J-H. Park, T. Yamaguchi, C. Watanabe, A. Kawaguchi, K. Haneji, M. Takeda, Y-I. Kim, Y. Tomoyasu, M. Watanabe, H. Oota, T. Hanihara, H. Ishida, K. Maki, S-B. Park, R. Kimura*
  Effects of an Asian-specific nonsynonymous EDAR variant on multiple dental traits.
  Journal of Human Genetics (2012) 57(8): 508-514 doi: 10.1038/jhg.2012.60.
• K. Koganebuchi#, T. Katsumura#, S. Nakagome, H. Ishida, S. Kawamura, H. Oota*
  The Asian Archival DNA Repository Consortium
  Autosomal and Y-chromosomal STR markers reveal a close relationship between Hokkaido Ainu and Ryukyu islanders.
  Anthropological Science (2012) 120(3): 199-208. DOI: 10.1537/ase.120322 [Advance Publication] Released: June 26, 2012
• S. Nakagome, S. Mano, L. Kozlowski, J. M. Bujnicki, H. Shibata, Y. Fukumaki, J. R. Kidd, K. K. Kidd, S. Kawamura, H. Oota*
  Crohn’s Disease Risk Alleles on the NOD2 Locus Have Been Maintained by Natural Selection on Standing Variation.
  Molecular Biology and Evolution (2012) 29:1569-1585 doi:10.1093/molbev/mss006
• T. Katsumura, S. Oda, K. Tsukamoto, Y. Sekiya, T. Yamashita, M. Aso, M. Hata, M. Nonaka, S. Mano, H. Ishida, H. Mitani, S. Kawamura, H. Oota*
  A population genetic study on the relationship between medaka fish and the spread of wet-rice-cultivation across the Japanese archipelago.
  Anthropological Science 120(1): 81-89 (2012) DOI: 10.1537/ase.110525

（英文著書）
（*は責任著者。）
［査読有］

• H. Oota*, K.K. Kidd
  Duplicated Gene Evolution of the Primate Alcohol Dehydrogenase Family. pp 149 – 161. Primatology Monographs (Series Editors: T. Matsuzawa & J. Yamagiwa) Post-Genome Biology of Primates, edited by H. Hirai, H. Imai, Y. Go (2012) Springer (Tokyo, Dordrecht, Heidelberg, London, New York) ISBN 978-4-431-54010-6. DOI 10.1007/978-4-431-54011-3　(総ページ数：286ページ)
• S. Nakagome, H. Oota*
  Evolutionary Insights into the “Population-Specificity” of the Genetic Factors Associated with Inflammatory Bowel Diseases.pp1-20. Ulcerative Colitis 2, edited by Prof. Mustafa M.Shennak (2012) InTech (Rijeka, Croatia) ISBN 979-953-307-555-5. （総ページ数：222ページ）

2011年度研究業績

（英文原著論文）
（出版の新しい順。*は責任著者。#はequal contribution or joint 1st author。総説は除き査読有の雑誌のみ記載）

• T. Hiwatashi, A. Mikami, T. Katsumura, B. Suryobroto, D. Perwitasari-Farajallah, S. Malaivijitnond, B. Siriaroonrat, H. Oota, S. Goto, S. Kawamura*
  Gene conversion and purifying selection shape nucleotide variation in gibbon L/M opsin genes.
  BMC Evolutionary Biology 11:312 (2011)

（英文著書）
（*は責任著者。）
［査読なし］

• H. Oota, H. Mitani*
  Human Population Genetics Meets Medaka. pp 339 – 350. Medaka-A Model for Organogenesis, Human Disease, and Evolution, edited by K. Naruse, M. Tanaka, H. Takeda (2011) Springer (Tokyo, Dordrecht, Heidelberg, London, New York) ISBN 978-4-431-92690-0. （総ページ数：387ページ）
• H. Oota, M. Stoneking
  Effects of Human Migration on Genome Diversity in East Asia. pp 173 – 187. Racial Representations in Asia, edited by Prof. Yasuko Takezawa (2011) Kyoto University Press (Kyoto, Japan) and Trans Pacific Press (Melbourne, Australia) ISBN 978-1-920901-58-5. （総ページ数：252ページ）

2010年度研究業績

（和文原著論文）
（出版の新しい順。*は責任著者）

• 太田博樹
  男女で異なる移住パターンとヒトゲノム多様性
  生物の科学　遺伝　３月号　Vol.64 No.2:24-29　特集　進化人類学の現在　2010年３月　（NTS）ISBN978-4-86043-312-3

（英文原著論文）
（出版の新しい順。*は責任著者。#はequal contribution or joint 1st author。総説は除き査読有の雑誌のみ記載）

• S. Nakagome, Y. Takeyama, S. Mano, S. Sakisaka, T. Matsui, S. Kawamura, H. Oota*
  Population-specific susceptibility to Crohn’s disease and ulcerative colitis; dominant and recessive relative risks in the Japanese population.
  Annals of Human Genetics 74:126-36 (2010)
• H. Matsukusa, H.Oota*, K. Haneji, T. Toma, S. Kawamura, H. Ishida
  A Genetic Analysis of the Sakishima Islanders Reveals No Relationship with Taiwan Aborigines but Shared Ancestry with Ainu and Main-island Japanese.
  American Journal of Physical Anthropology 142:211-23 (2010)
• T. Hiwatashi, Y. Okabe, T. Tsutsui, C. Hiramatsu, A.D. Melin, H. Oota, C.M. Schaffner, F. Aureli, L.M. Fedigan, H. Innan, S. Kawamura*
  An explicit signature of balancing selection for color vision variation in New World monkeys
  Molecular Biology Evolution 27: 453-64 (2010)

〜2009年度研究業績

（和文総説）
（出版の新しい順。１つを除き査読無）

• 太田博樹
  ゲノムが語るメダカとヒトの多様性
  総研大ジャーナル No. 13　特集『メダカの科学』：メダカ研究の最前線　pp15-17
  2008年3月31日
• 太田博樹
  ゲノム科学と人類学―世界の動向と今後の展望― / Genome Sciences and Anthropology. (with English abstract)
  人類学雑誌　第115巻 pp73-83 2007年12月22日
  Anthropological Sciences (Japanese Series)
• 太田博樹
  霊長類－ヒト　進化速度のパラドクス：“パラドクス”についてのイントロダクション
  生物の科学　遺伝　別冊No.20　進化でどこまでわかるか？日本進化学会2006年大会特集　pp127-128　2007年1月　（NTS）
• 太田博樹
  古代人のDNAを調べる
  第１３回「大学と科学」公開シンポジウム組織委員会編
  検証　日本列島　自然、ヒト、文化のルーツ　pp81-91　1999年8月　（クバプロ）
• 太田博樹
  古人骨DNA分析〜過去12年間の歩み〜
  文部省科学研究費特定領域研究　日本および日本文化の起源に関する学際研究：
  日本人と日本文化　その起源を探るNews Letter No.5 pp7-8　1998年7月　（国際日本文化研究センター）
• 太田博樹
  古代DNA分析：弥生時代の人々の遺伝子—遺伝子から探る日本人の起源（３）
  遺伝　特大号　日本人の起源　第５２巻　pp60-64　1998年10月　（裳華房）

（和文原著論文）
（出版の新しい順。*は責任著者）

• 太田博樹、マーク J. ハドソン / H. Oota, M. J. Hudson
  先史考古学とDNA：応用と方法 / Prehistoric archeology and the DNA revolution: applications and methods.
  考古学研究　第４５巻　pp124-135 　1998年9月
  Quarterly of Archaeological Studies 45:124-135 (1998) [in Japanese with English abstract]

（英文原著論文）
（出版の新しい順。*は責任著者。#はequal contribution or joint 1st author。総説は除き査読有の雑誌のみ記載）

• R. Kimura*, T. Yamaguchi, M. Takeda, O. Kondo, T. Toma, K. Haneji, T. Hanihara, H. Matsukusa, S. Kawamura, K. Maki, M. Osawa, H. Ishida, H. Oota
  A common variation in EDAR is a genetic determinant of shovel-shaped incisors.
  American Journal of Human Genetics 85: 528-535 (2009)
• T. Katsumura, S. Oda, S. Mano, N. Suguro, K. Watanabe, H. Mitani, H. Oota*, S. Kawamura
  Genetic differentiation among local populations of medaka fish (Oryzias latipes) evaluated through grid- and deme-based sampling.
  Gene 443: 170-177 (2009)
• H.R. Luo, G.S. Wu, A.J. Pakstis, L. Tong, H. Oota, K.K. Kidd, Y.P. Zhang*
  Origin and dispersal of atypical aldehyde dehydrogenase ALDH2487Lys.
  Gene 435: 96-103 (2009)
• Y. Matsumoto#, H. Oota#, *, Y. Asaoka, H. Nishina, K. Watanabe, J.M. Bujnicki, S. Oda, S. Kawamura, H. Mitani*
  Medaka: a promising model animal for comparative population genomics.
  BMC Research Notes 2: 88-97 (2009)
• Y. Han, S. Gu, H. Oota, M.V. Osier, A.J. Pakstis, W.C. Speed, J.R. Kidd, K.K. Kidd*
  Evidence of positive selection on a Class I ADH locus.
  American Journal of Human Genetics 80: 441-456 (2007)
• H. Oota*, C.W .Dunn, W.C.Speed, A.J.Pakstis, M.A.Palmatier, J.R. Kidd, K.K. Kidd*
  Conservative evolution in duplicated genes of the primate Class I ADH cluster.
  Gene 392: 64-76 (2007)
• Y. Han, H. Oota, M. Osier, A. J. Pakstis, W. C. Speed, D. Goldman, A. Odunsi, F. Okonofua, S. L. B. Kajuna, N. J. Karoma, S. Kungulilo, E. Grigorenko, O. V. Zhukova, B. Bonne-Tamir, R-B. Lu, J. Parnas, L. O. Schulz, J. R. Kidd, K. K. Kidd*
  Considerable haplotype diversity within the 23kb encompassing the ADH7 gene
  Alcoholism Clinical Experimental Research 29: 2091-2100 (2005)
• H. Oota#, B. Pakendorf#, G. Weiss, W. Settheetham-Ishida, D. Tiwawech, S. Pookajorn, T. Ishida, M. Stoneking*
  Recent origin and cultural reversion of a hunter-gatherer group.
  PLoS Biology 3(3): e71 (2005)
• H. Oota, A. J. Pakstis, B. Bonne-Tamir, D. Goldman, E. Grigorenko, S. L. B. Kajuna, N. J. Karoma, S. Kungulilo, R-B. Lu, K. Odunsi, F. Okonofua, O. V. Zhukova, J. R. Kidd, K. K. Kidd*
  The evolution and population genetics of the ALDH2 locus: random genetic drift, selection, and low levels of recombination.
  Annals of Human Genetics 68: 93-109 (2004)
• H. Oota*, T. Kitano, F. Jin, I. Yuasa, L. Wang, S. Ueda, N. Saitou, M. Stoneking
  Extreme mtDNA homogeneity in continental Asian populations.
  American Journal of Physical Anthropology 18: 146-153 (2002)
• H. Oota*, N. Saitou, S. Ueda
  A large-scale analysis of human mitochondrial DNA sequences for ancient DNA data with special reference to the population history of East Eurasian.
  Anthropological Science 110: 293-312 (2002)
• H. Oota, W. Settheetham-Ishida, D. Tiwawech, T. Ishida, M. Stoneking*
  Human mtDNA and Y-chromosome variation is correlated with matrilocal versus patrilocal residence.
  Nature Genetics 29: 20-21 (2001)
• H. Oota, K. Kurosaki, S. Pookajorn, T. Ishida*, S. Ueda
  Genetic study of the Paleolithic and Neolithic Southeast Asians.
  Human Biology 73: 225-231 (2001)
• L. Wang, H. Oota, N. Saitou, F. Jin, T. Matsushita, S. Ueda*
  Genetic structure of a 2500-year-old human population in China and its spatiotemporal changes.
  Molecular Biology and Evolution 17: 1396-1400 (2000)
• H. Oota, N. Saitou, T. Matsushita, S. Ueda*
  Molecular genetic analysis of remains of a 2,000-year-old human population in China and its relevance for the origin of the modern Japanese population.
  American Journal of Human Genetics 64:250-258 (1999)
• Y. Nakachi, T. Hayakawa, H. Oota, K. Sumiyama, L. Wang, S. Ueda*
  Nucleotide compositional constraints on genomes generate alanine-, glycine-, and proline-rich structure in transcription factors. Molecular Biology and Evolution 14(10): 147-160 (1997)
• Y. Watanabe, T. Sakazume, K. Kurosaki, H. Oota, K. W. Watanabe, S. Ueda*
  No directionality of STR evolution at the HPRT locus in catarrhine primates.
  Folia Primatologica 68: 350-353 (1997)
• K. Kurosaki, H. Saitoh, H. Oota, Y. Watanabe, M. Kiuchi, S. Ueda*
  Combined polymorphism associated with a 3-bp deletion in the 5′-flanking region of a tetrameric short tandem repeat at the CYP19 locus.
  Japan Journal of Legal Medicine 51: 191-195 (1997)
• Y. Watanabe, T. Sakazume, K. Kurosaki, H. Oota, K. W. Watanabe, S. Ueda*
  Short tandem repeat polymorphisms in Japanese macaques: their short repeat lengths and low informativeness.
  Mammalian Genome 7: 383-385 (1996)
• K. Kurosaki, H. Oota, H. Saitoh, M. Kiuchi, S. Ueda*
  Sequence variation found in the flanking region of a trimeric short tandem repeat at the PLA2 Locus: its considerable effect on estimating alleles.
  Japan Journal of Legal Medicine 50:1-5 (1996)
• H. Oota, N. Saitou, T. Matsushita, S. Ueda*
  A genetic study of 2,000-year-old human remains from Japan using mitochondrial DNA sequences
  American Journal of Physical Anthropology 98:133-145 (1995)

（英文著書）
（*は責任著者。）
［査読なし］

• H. Oota, N. Saitou, K. Kurosaki, S. Pookajorn, T. Ishida, T. Matsushita, S.Ueda.
  Ancient DNA: a new strategy for studying population history. pp 25 – 41.
  Interdisciplinary Perspectives on the Origins of the Japanese, International
  Symposium 1996, edited by Prof. Keiichi Omoto (1999b) International Research Center for Japanese Studies (Kyoto, Japan) ISSN 0915-2822.